仔猪水肿病的发病原因主要分以下三类：

1. 饲养因素引发仔猪水肿病：仔猪断乳后，饲喂高蛋白的饲料，饲料单一，饲料缺乏维生素、矿物质，或一次吃太多饲料，而仔猪的消化系统还不健全，从而使仔猪的肠道内菌群失去平衡，大肠杆菌大量增殖，而产生毒素，被肠道吸收，导致仔猪水肿病。

2. 应激反应引发仔猪水肿病：断奶与换料转换突然；断奶后转入的新猪舍卫生条件不好、猪群密度过大、通风不好；转入新猪舍后，在未适应新环境的情况下，气候突变，忽冷忽热或者注射疫苗等，这些都会刺激道仔猪，使其抵抗已下降，大肠杆菌增殖，导致仔猪水肿病。

3. 细菌感染引发仔猪水肿病：带病菌的母猪和感染的仔猪都是传染源，在一些情况下，它们排出的粪便中含有的病原菌会污染水、饲料和环境，再通过消化道感染健康的仔猪。